W przypadku choroby Hashimoto występuje problem z prawidłowym wchłanianiem witamin i minerałów z pożywienia. Warto zadać w przypadku tej choroby oraz innych chorób tarczycy, poziomy witamin i minerałów w organizmie. W tym celu warto zbadać poziomy witamin: D, B12 oraz minerałów takich jak: Magnez, Żelazo i Ferrytyna, Cynk. Po uzyskaniu wyników badań, pod kontrolą lekarza, należy uzupełnić niedobory poprzez suplementację. Można także wspierać organizm naturalnymi preparatami i pożywieniem bogatym w te witaminy, których niedobory wykryto w organizmie, np. aloes do picia, propolis, kurkumina. Choroba Hashimoto, wymaga stałej suplementacji, od tego nie ma odwrotu.
W chorobie Hashimoto bardzo ważne jest stosowanie diety eliminacyjnej, która pozwoli na uspokojenie układu odpornościowego chorej osoby. Dieta pozwoli także na uzupełnienie niedoborów składników mineralnych oraz witamin w organizmie. Pomoże również usprawnić i funkcjonowanie układu pokarmowego poprzez uszczelnienie ścian jelita cienkiego. W chorobie Hashimoto jest pewna lista zakazanych produktów, które mogą pobudzać system odpornościowy. Każda eliminacja pokarmów musi być dobierana indywidualnie, aby leczyć stany zapalne i poprawić funkcje układu pokarmowego. Wśród najczęstszych pokarmów, które trzeba wykluczyć, jest gluten, mleko, jaja, marchew, truskawki.
